Mkhitaryan được Jose Mourinho đưa về Man Utd từ Dortmund hè 2016, khi ông bắt đầu làm việc tại sân Old Trafford. Mùa đầu tiên của cả hai không tệ, khi Man Utd vô địch Europa League, còn tiền vệ người Armenia ghi 11 bàn sau 41 trận, trong đó có một bàn vào lưới Ajax ở trận chung kết cúp châu lục kể trên. Tuy nhiên, quan hệ giữa hai thầy trò bắt đần rạn nứt, âm ỉ rồi bùng nổ đến mức không thể hàn gắn ở mùa thứ hai.
Họ cãi nhau tay đôi, gọi nhau là kẻ tệ hại, trước khi Mourinho công khai muốn tống khứ Mkhitaryan khỏi Man Utd. Mourinho trao đổi với Mkhitaryan trong trận Siêu Cup châu Âu 2017. Ảnh: Chi tiết này vừa được tiết lộ trong cuốn tự truyện mới xuất bản của Mkhitaryan. Anh viết: "Tôi nói với Mourinho: 'Ông chỉ trích tôi suốt một năm rưỡi kể từ khi tôi đến Man Utd'. Ông ta đáp lại rằng vì tôi là cầu thủ 'tệ hại' và lúc đó tôi đã mất bình tĩnh.
Tôi liền phản pháo: 'Ông mới là kẻ tệ hại. Một kẻ tệ hại kinh khủng'. Cuối cùng, Mourinho đáp: 'Cậu hãy cút khỏi đây, tôi không muốn thấy mặt cậu nữa'". Theo Mkhitaryan, không nói gì với anh, im lặng trong các buổi tập "như một nghi thức tôn giáo nào đó", nhưng lại khủng bố tinh thần anh vào buổi tối. Tiền vệ này viết: "Cứ mỗi tối, ông ta lại nhắn tin qua WhatsApp: 'Này Miki, biến khỏi Man Utd đi, làm ơn đấy'.
Mọi thứ ngày càng trở nên lố bịch, đến nỗi tôi luôn sao chép và dán lại một tin nhắn để trả lời ông ta: 'Tôi sẽ đi nếu tìm được đội bóng phù hợp, còn không thì tôi đợi đến mùa hè'. Đến giữa tháng 1/2018, nội dung tin nhắn Mourinho gửi cho tôi thay đổi đôi chút: 'Miki, làm ơn đấy, rời khỏi đây đi, để tôi có thể đưa Alexis Sanchez về'".
Khi Mourinho nói về việc muốn lấy về từ Arsenal, Mkhitaryan cũng giao cho người đại diện lúc ấy - Mino Raiola - lo việc thương thảo với Arsenal. "Vì thế, câu trả lời của tôi cũng thay đổi", tiền vệ 36 tuổi kể trong tự truyện. "Tôi nhắn với Mourinho: 'Tôi không rời Man Utd chỉ để làm ông hài lòng, và làm ơn, xin đừng nhắn tin cho tôi nữa. Nếu muốn, hãy nói chuyện với Mino'. Sau cùng, đường ai nấy đi, tất cả đều hạnh phúc".
Tháng 1/2018, Mkhitaryan chuyển đến Arsenal trong một thương vụ trao đổi với Sanchez. Anh ghi 9 bàn qua 58 trận cho đội chủ sân Emirates, đóng vai trò quan trọng trong hành trình cùng "Pháo thủ" vào chung kết Europa League 2019. Sau một năm rưỡi khoác áo Arsenal, Mkhitaryan sang Italy đầu quân cho AS Roma, ban đầu dưới dạng cho mượn, trước khi được bán đứt vào hè 2020. Trong mùa cuối tại đội bóng thủ đô Italy (2021-2022), anh tái hợp với Mourinho.
Mùa đó, Mkhitaryan chơi 44 trận trên mọi đấu trường dưới sự dẫn dắt của nhà cầm quân người Bồ Đào Nha, đồng thời giành chức vô địch Europa Conference League. Hè 2022, Mkhitaryan sang Inter và đóng vai trò quan trọng giúp đội bóng này hai lần vào chung kết Champions League các năm 2023, 2005. Cùng Inter, tiền vệ người Armenia đoạt một Serie A, một Cup Italy và 2 Siêu Cup Italy. (theo )

